Rename project to SciMesh

.gitignore

@@ -5,7 +5,7 @@ __pycache__/
 # Local ChEMBL download (about 738 MB); obtain it separately before running.
 chembl_*.txt
 
-# Files generated by molmesh.py
+# Files generated by scimesh.py
 *_similarities.csv
 test_results.csv
 test_structures/

README.md

@@ -1,4 +1,4 @@
-# MolMesh
+# SciMesh
 
 Минимальный локальный поиск молекул ChEMBL, похожих на гефитиниб (`CHEMBL939`).
 
@@ -21,20 +21,20 @@ conda install -c conda-forge rdkit
 ## Запуск
 
 ```bash
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt -o gefitinib_similarities.csv
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt -o gefitinib_similarities.csv
 ```
 
 По умолчанию создаётся CSV с колонками `rank,chembl_id,canonical_smiles,similarity` и выводится тот же top-20 в терминал. Для другого размера выборки:
 
 ```bash
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --top 50 -o top_50.csv
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt --top 50 -o top_50.csv
 ```
 
 Во время поиска статус выводится в `stderr` каждые 100 000 строк: количество обработанных строк, текущая и средняя скорость, прошедшее время и число пропущенных невалидных SMILES. Период можно изменить или отключить:
 
 ```bash
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --progress-every 500000
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --progress-every 0
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt --progress-every 500000
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt --progress-every 0
 ```
 
 ## Быстрый тест на части базы
@@ -42,7 +42,7 @@ python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --progress-every 0
 Опция `--max-rows` ограничивает второй проход первыми `N` строками TSV. Сам `CHEMBL939` перед этим всё равно находится в отдельном потоковом проходе, поэтому эталон остаётся тем же. Получившийся CSV — это top‑20 только по обработанной части, а не по полной базе.
 
 ```bash
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --max-rows 10000 -o test_results.csv
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt --max-rows 10000 -o test_results.csv
 ```
 
 ## Изображения структур
@@ -50,7 +50,7 @@ python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --max-rows 10000 -o test_results.csv
 Передайте каталог в `--images-dir`, чтобы создать `CHEMBL939_gefitinib.png` с гефитинибом и `top_candidates.png` с сеткой top‑кандидатов. На изображениях кандидатов указаны ранг, ChEMBL ID и Tanimoto similarity.
 
 ```bash
-python molmesh.py chembl_37_chemreps.txt --images-dir structures
+python scimesh.py chembl_37_chemreps.txt --images-dir structures
 ```
 
 Опция `--image-columns` задаёт число структур в строке сетки (по умолчанию `4`).

scimesh.py

@@ -1,5 +1,5 @@
 #!/usr/bin/env python3
-"""Потоковый поиск молекул ChEMBL, похожих на гефитиниб (CHEMBL939)."""
+"""SciMesh: потоковый поиск молекул ChEMBL, похожих на гефитиниб (CHEMBL939)."""
 
 from __future__ import annotations